電子書籍化して保存するときには保存形式がいろいろあります。
画像の保存形式は多くありますが使い方、使い勝手で選ぶのがよいと思います。
・jpg
もはや画像ファイルの形式のデファクトスタンダードと化したjpg（じぇいぺぐ、Joint Photographic Experts Group）。非可逆圧縮の静止画像ファイル形式の一つです。
非可逆圧縮のため、圧縮した画像から元の画像を復元することはできません。圧縮率を上げるとブロックノイズを発生させますが、通常使用であれば問題はありません。
ファイル１つに画像は一つです。
・pdf
電子上の文書に関する形式の一つpdf（ぴーでぃーえふ、Portable Document Format）。特定の環境に左右されずに全ての環境でほぼ同様の状態で文章や画像等を表示できます。
ファイル１つに複数の画像が入れられます。
漫画の電子書籍化という観点で言えば、jpgのほうが扱いやすいと思います。
漫画は基本「画像」であり、OCR（おーしーあーる、光学文字認識、Optical character recognition）を使用することは少ないです。特に漫画はセリフやナレーションの順番や向き、大きさやフォントが様々なのでOCRには向かないと思います。
pdfであれば環境に左右されずにファイルを表示できるのが利点の一つですが、jpgなら互換性や再現性の低い環境にはおかれないと思います。
また、pdfには複数の画像をひとまとめにできるという利点もありますが、zipファイルにひとまとめにできるのであまり問題にはなりません。
むしろ画像の加工や修正、入れ替えや並べ替えのしやすさからするとjpgのほうが扱いやすいと思います。
（参考）
・gif
可逆圧縮画像ファイルの一つgif（じふ、Graphics Interchange Format）。複数画像を1つのファイルに収録してアニメーション表示するGIFアニメーションが可能。
・png
可逆圧縮画像ファイルの一つpng（ぴんぐ、Portable Network Graphics）。透過効果などが使用できる。
・bmp
Windows標準では無圧縮の画像ファイル、BMP（ビーエムピー、Microsoft Windows Bitmap Image）。無圧縮だどファイルサイズが馬鹿でかい。
・zip
圧縮ファイルの形式の一つzip（じっぷ）。Windows標準で搭載されており、圧縮率などを選べる。
・rar
zipファイルよりも高い圧縮率といわれる圧縮ファイルの形式の一つrar（らー）。リカバリーレコードを設定でき、ファイルが破損してもある程度まで修復できる。
・lzh
日本人が開発した圧縮形式lzh（えるぜっとえいち）。一時期Windowsにも標準で展開機能が搭載されたが今はない。
・epub
電子書籍ファイルフォーマットepub（いーぱぶ、Electronic PUBlication）。電子書籍の標準ファイルとのことですが、使用したことは皆無。