電子書籍のデメリットは書籍の所有権がないことです。現在購入できる電子書籍の多くは「購読権」を購入しているものであり、書店で本を買うというよりも漫画喫茶で本を読むに近いと思います。
何か問題が？と思うかもしれませんが、紙書籍と変わらない価格で購入した漫画がある日突然読めなくなる可能性も否定できません。
２０１９年にebookjapanがYahoo!ブックストアに統合され、統合前からのユーザーはコレクション機能が使えなくなった等の不満が続出したこともありました。完全に読めなくなるわけでないかもしれませんが、売り手の影響を大きく受けてしまう例の一つです。
また、kindleでは売ってないけどiBooksでは売ってる、なんてこともあり、購入方法によってはアプリが別、管理も別になってしまうことがあります。「前に買ったあの本はどのアプリで読めるんだっけ？」となってしまっては電子書籍のメリットの一部がなくなってしまいます。
紙書籍のデメリットはとにかく場所を取ります。５冊１０冊程度ならまだしも、長く続くシリーズでは２０冊３０冊はざらで、１００冊を超えるものも少なくありません。
それをいつでも読めるように、巻数順に並べておく、しかも購読しているシリーズも１つではないでしょうから置き場所、配置は悩みの種です。
加えて、電子書籍と異なり本のある場所でしか読めませんので、外出先でちょっと読みたい、なんてことも難しいです。
そこで両者のメリットをいいとこどりした（けど新たなデメリットを生んでしまう）のが電子書籍（自炊）です。
所有権もあり、どこでも読める電子書籍（自炊）ですが、致命的なデメリットがあります。自炊作業自体が面倒くさいんです。
１冊２冊なら紙書籍でも電子書籍でも変わらないでしょう、１００冊１０００冊となってくると電子書籍がいいのですが、自炊してそれ読み返しますか？みたいな量になるともう自己満足の茨の道でしかありません。