スキャンをするとどうしても傾いてしまうものです。
キレイに置こうが傾くときは傾きます（以前の記事を参照ください）。すべてを正しい位置では不可能です。
ただ、スキャンした後で補正をすることはできます。
そこでおすすめなのがeTilTran（えちるとらん）です。
画像を一括して傾き補正でき、補正についてみながら行うこともできます。
リンクから作者のページへアクセスしダウンロードします。
http://no722.cocolog-nifty.com/blog/etiltran/index.html
以降、説明に「つばめティップオフ！」（ワタヌキヒロヤ著）を使用しています。
導入方法
操作方法
（枠線がない場合になります。）
（枠線がない場合や斜めの枠線の場合になります。）
補正（回転）はマウスのホイールでできます。
（今回はなかったので手動で補正して表示させました）
変換後のファイルは「出力フォルダ」に出力されます。
（デフォルトでは入力フォルダに「変換データ」というフォルダを作成して格納します。）
補足
１０年以上も前のフリーソフトで更新も止まっているのですが、画像の傾き補正ソフトではこれが一番使いやすいと思います。
OS等が対応していない、または不具合等がある可能性もありますので、使用の際はご留意ください。
また、傾き補正ソフトとしては優秀だと考える一方、頻繁に使用することはお勧めしません。
理由としては以下のとおりです。特に３つ目ですね。
１．傾き補正しなくても読むのに支障はない
２．傾きの理由の大半は印刷の問題
３．こだわりすぎると時間が足らない