裁断が終わったらいよいよスキャンです。
電子書籍化、特に漫画の電子書籍化ではカバーを含む表紙の扱いが個々人で変わってくると思います。
自分の場合は、これまでのスキャンの設定（向き、カラーモード、dpi）から以下の３つで設定します。
１．カバー、帯、表紙
scansnapでは標準モードの読取範囲が最大216mm×360mmの仕様です。そのため、カバーや帯はそのままではスキャンできません。
scansnapでスキャンするという前提であれば解決方法は二つです。
自分は②の方法で行っています。
①カバーを裁断する
読取範囲に収まる大きさに裁断してしまえば問題はありません。デメリットは表表紙、背表紙、裏表紙にまたがって１枚絵のようになっている場合に見栄えを損なう可能性があることです。
②長尺読取をする
読取範囲をカバーや帯に合わせます。デメリットは長尺読取に設定する必要があり、長尺読取の場合にはエクセレント（カラー／グレー600dpi）の解像度には対応していないことです。
カラーモード：カラー
読み取り面：片面
画質：スーパーファイン（カラー300dpi相当）
ファイル形式：JPEG
フィード：手差しスキャン
送り方向にA4サイズより長い原稿を1枚ずつ読み取ることができます。長尺読取は、カラー／グレー300dpi、白黒600dpi相当まで使用可能。
出典：富士通scansnap ix1500仕様
https://scansnap.fujitsu.com/jp/product/ix1500/specification.html
２．本体（カラー原稿）
カラーのスキャン設定でスキャンします。カバー以外は向きを設定しないとスキャンした後に画像を回転させないといけなくなるので注意です。
カラーモード：カラー
読み取り面：両面
画質：エクセレント（カラー600dpi相当）
向き：右90度回転（右/左とじ）
ファイル形式：JPEG
フィード：継続スキャン
３．本体（モノクロ原稿）
モノクロ部分はグレースケールのスキャン設定でスキャンします。
スキャンした画像はカラー原稿と共通の番号を振ります。
カラーモード：グレー
読み取り面：両面
画質：エクセレント（カラー600dpi相当）
向き：右90度回転（右/左とじ）
ファイル形式：JPEG
フィード：継続スキャン
