裁断、スキャン、確認（再スキャン）を終え、やっと保存することになります。
保存自体はHDDに保存するだけなんですが、自分は特殊？な方法をとっているので参考までに紹介します。
電子書籍化した漫画はビューアソフト等で読むことが想定されます。その際に必要なのは順番（＝ページ番号の付与）です。
基本スキャナーでスキャンした順番に番号が振られるため、それで問題ないのですが、電子書籍化にあたり、確認作業（再スキャン）をしていることから画像保存の場所・順番を一工夫しています。
というのも、一冊スキャンしているうちに再スキャンが不要な画像、再スキャンが必要な画像、再スキャンした後の画像が生まれるわけで、最終的には再スキャンが不要な画像、再スキャンした後の画像がきちんとページの順番で並んでいてほしいわけです。
また、スキャン後紙媒体を破棄してしまうことから、再スキャンした画像に間違ったページ番号を振り、ページが欠落することを防ぐため、再スキャンが必要な画像も残しておきます。
まずはフォルダの構造です。
シリーズ、巻数別にフォルダを作成し、巻数のフォルダの下に作業用のフォルダ（最終的に再スキャンが必要な画像が残るフォルダ）を作成します。
スキャンした画像は作業用のフォルダ（ここでは「新しいフォルダー」）の中に一旦保存します。
再スキャンした画像を差し替えたい画像の名称にリネームします。
リネームした画像を選択し、最終的に保存する場所に保存します。
作業用フォルダに保存しておいたファイルをすべて、最終的に保存する場所に保存します。先ほどのリネームによりファイルの置換またはスキップの警告が出ますので、「ファイルは置き換えずスキップする」を選択します。
こうすると巻数フォルダの直下に最終版が、その下の作業用フォルダに再スキャンが必要な画像が保存されます。
この後圧縮ファイルにするかは保存容量や使い方を見ながら決めていただければと思います。