簡易的にですが電子書籍の比較をしたいと思います。電子書籍が0円だったので。
 割と最近発売された漫画でも電子書籍0円とかになるんですね。
比較対象
 全ての電子書籍を比較するのは難しいので、勝手ながら比較に使用したのは以下の電子書籍です。
 ・kindle
 ・漫画全巻
 ・ebookjapan
 ・ComicShare(自炊した電子書籍)
視覚的比較
 漫画ですのでやはり視覚的に差が出るのか比較したいところ。
 ※比較には「娘の友達」(1巻、萩原あさ美著)を使用しています。




 各アプリでほぼ同じ大きさに表示し、スクリーンショットした画像です。
 パッと見では差はあまりないように見えます、というか電子書籍はアプリは異なっても元のデータが同じと思われ、そのため画質も同じと思われます。
 kindleとebookjapanはこれ以上拡大できません。また、漫画全巻は拡大はできるものの拡大時の画像は当然荒いです。自炊したものは600dpiですのでトーンの網点も判別できます。 
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漫画全巻
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 ただし、全ての画像において自炊が見やすいかというとそうではなく、特殊な画像(黒一色など)ではスキャンのムラがでるため、電子書籍のほうがきれいです。
 また、自炊の場合にはスキャンの関係で裏写りが発生しますので、電子書籍のようにきれいにならない部分があります。
操作性比較
 基本的な操作はどのアプリも大きく変わりません。
 本棚、並び替え・入れ替え、タイトル検索、ブックマーク、しおり(ページマーク)、2ページ・1ページ表示、ページめくりアニメーションオンオフ、この辺りは標準装備といった感じです。
 ebookjapanでは本棚を背表紙表示でできるらしいんですが、無料購読のやつではできないのかな…。
 ・購入
 kindle、漫画全巻はアプリ上では購入できません。アプリはあくまでビューアといった感じです。
 ebookjapanはアプリ上で購入できるのでサクサク買って読めます。
 当然ですが自炊は紙媒体を購入して、スキャンしないと読めません。
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 ・管理
 kindle、漫画全巻はPCとアプリで同期しています。
 ebookjapanは無料版を購入しているからなのか、PCとアプリで同期していないよう。まさかどっちでも買うのこれ?少なくとも無料版はどっちでもダウンロードするのか。
 ComicShareは同期も何も自炊してないと読めせん。
kindle
アプリ版
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PC版
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漫画全巻
アプリ版
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PC版
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ebookjapan
アプリ版
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PC版
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 ・目次
 電子書籍は目次がついているのでそこにジャンプして読むことができます(自炊の場合には特別に設定する必要があります。)。
 ebookjapanのものだけ目次が各話についていませんでした。
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 ・画像処理
 電子書籍はダウンロードしたものをそのまま見ることになるのが基本ですが、漫画全巻は画面の明るさや簡単なコントラスト処理ができます。一方、自炊のほうはアプリにもよりますが、好みの画像処理を行うことができます。
 画像という点で言うと、個人的には見開きの処理をちゃんとしてほしい。

出典:はたらく細胞1巻
 ・通信、処理速度
 電子書籍は画像の解像度がそこまで高くないようなのでダウンロード、表示速度は速いです。それに比べて自炊のほうは高解像度の場合ダウンロード、表示速度ともに遅く、下手をすると読み込みに数秒以上かかります。
内容比較
同じ商品なので基本同じ内容ですが、異なる部分があります。全ての電子書籍が該当するものではないと思いますが、少なくとも比較のために準備した電子書籍では差異がありましたので参考まで。
・帯
 電子書籍には帯がないようです。
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出典:娘の友達1巻帯
 ・カバー(背表紙、裏表紙、そで)
 電子書籍にもよるのかもしれませんが、カバーの背表紙、裏表紙がありません。
 そでは作者近影などの情報がない場合には省かれるのかもしれません。

 ・表紙
 漫画だとカバー下と呼ばれることもありますが、カバーを外した状態の表紙部分です。電子書籍にこれがありません。

 ・特典
 電子書籍には紙書籍版にないカラーイラストが付随していました。電子書籍版の特典なのかもしれませんが明示してほしいです(kindle、漫画全巻、ebookjapanすべてで付随していました)。
 当然ながら特定の店舗での購入特典はついていません。
比較まとめ
比較したことをまとめると以下のようになります。
| kindle | 漫画全巻 | ebookjapan | ComicShare | 備考 | |
| 専用アプリ (汎用性)  | 必須 (×)  | 必須 (×)  | 必須 (×)  | 任意 (○)  | 自炊は任意に決定 | 
| 画像解像度 | △ | △ | △ | ○ | 自炊は任意に決定 | 
| 画像の鮮明さ | ○ | ○ | ○ | △ | |
| 画像処理の多様さ | △ | △ | △ | ○ | |
| ダウンロード速度 | ○ | ○ | ○ | △ | |
| 表示速度 | ○ | ○ | ○ | △ | |
| 購入 (容易さ)  | 別途 (△)  | 別途 (△)  | アプリ (○)  | 別途 (×)  | 自炊は自炊が必要 | 
| 管理 | ○ | ○ | △ | ○ | |
| 目次 | ○ | ○ | △ | × | 自炊は作成が必要 | 
| 帯・背表紙・裏表紙・表紙 | × | × | × | ○ | |
| 特典 | - | - | - | - | 
 一長一短といった感じですかね。
 ただ、個人的には電子書籍では表紙(カバー下)などがなくなっているのが残念です。
 漫画だとカバー下やカバーのそでで本編の補足やちょっとしたイラストなど面白いものがありますので、そういうのがなくなっているのは残念だと思います。